爱沙尼亚国家男子足球队成立于1921年，并于1923年加入国际足球联合会(FIFA)。该球队由爱沙尼亚足球协会管理，代表爱沙尼亚参加国际足球赛事。
在早期历史中，爱沙尼亚足球队于1920年进行了首场比赛。然而，1940年爱沙尼亚被苏联占领，国家队的活动被迫中止。直到1991年爱沙尼亚恢复独立后，国家队才重新组建并开始参加国际比赛。
爱沙尼亚独立后的第一场比赛是在1991年11月15日的波罗的海杯上对阵立陶宛。而第一场获得FIFA承认的比赛则是1992年6月3日在塔林对阵斯洛文尼亚的比赛。
在世界杯参赛历史上，爱沙尼亚自恢复独立以来一直积极参与世界杯欧洲区预选赛。2025年3月，在世界杯欧洲区预选赛中，爱沙尼亚以1-2不敌以色列。随后在3月26日进行的世界杯欧洲区预选赛第一阶段小组赛第2轮比赛中，爱沙尼亚客场以3-2战胜了摩尔多瓦，展现了一定的竞争力。
尽管爱沙尼亚足球队在国际足坛世界排名中曾达到最高第60位(2002年12月)，但整体实力在欧洲仍属于较弱队伍之列。截至2014年10月，其世界排名为第88位，欧洲排名第40位。球队目前由马丁·雷姆担任主教练，正在努力提升球队水平，争取在未来世界杯赛事中取得更好的成绩。
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