阿塞拜疆国家男子足球队成立于1992年，由阿塞拜疆足球协会（Association of Football Federations of Azerbaijan，简称AFFA）管理。该成立时间与阿塞拜疆从苏联独立后建立国家足球管理机构的时间相一致。
虽然阿塞拜疆地区在独立前就有足球活动历史，现代足球运动最早于1911年由英国工人引入阿塞拜疆，而且在苏联时期，阿塞拜疆的足球队从1979年就开始参加国际和洲际足球比赛，但现代意义上的阿塞拜疆国家男子足球队是在1992年国家独立后正式组建的。
阿塞拜疆足球协会在1992年成立后，于1994年加入欧洲足联和国际足联，使阿塞拜疆国家男子足球队得以参加国际足联和欧足联组织的各项赛事。自成立以来，阿塞拜疆国家男子足球队参加了1998年、2000年等多次世界杯预选赛以及2000年等欧洲杯预选赛，但至今仍未进入任何国际大赛的决赛圈。
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